10月16日，伊拉克总理兼武装部队总司令阿巴迪下令伊拉克政府军进驻基尔库克。原先控制基尔库克的库尔德自治区（库区）武装基本未做抵抗，而是选择撤离。伊拉克军方联合行动指挥部10月16日表示，已全面控制基尔库克市以及萨拉赫丁省的图兹胡尔马图、迪亚拉省的盖拉塔佩等城镇。10月17日，政府军又进驻尼尼微省辛贾尔镇。
基尔库克省本不属于库区行政管辖范围，库区武装在2014年打击“伊斯兰国”的行动中将存在争议的基尔库克以及尼尼微、迪亚拉和萨拉赫丁省的部分地区视为其势力范围，并试图并入库区。9月25日，库区不顾各方反对举行独立公投。伊拉克国民议会当天通过决议，要求阿巴迪采取措施反制库区公投，措施之一就是将政府武装力量部署到“争议地区”。
库区主席巴尔扎尼10月17日晚些时候发表声明，将失去基尔库克归咎于库区某政党。分析人士一致认为他矛头对准的是库区第二大政党库尔德斯坦爱国联盟（库爱盟）。此前控制基尔库克的库区武装大部分都忠于库爱盟。库爱盟官员则表示，库尔德斯坦民主党没资格指责库爱盟，库区各种问题的根源就在于巴尔扎尼，領导人不理智的决策让库区陷入当前的困境。面对政府军的步步推进，巴尔扎尼10月17日在声明中还表示，库区武装将撤退到2016年10月17日解放摩苏尔战役开始之前库区与伊中央政府确定的防御线。
