1、单体结构不同。分子晶体一般是由物质分子构成，而原子晶体一般有单个原子构成;
2、晶体内作用力不同。分子晶体一般是通过分子间范德华力作用形成，而原子晶体一般通过原子共价键作用形成;
3、存在形式有差异。分子晶体一般有固、液、气三种存在形式，而原子晶体一般只有固体存在形式。
分子间通过分子间作用力，根据人教版教材最新解释，分子间作用力又名范德华力，而氢键不是化学键，是一种特殊的分子间作用力，属于分子间作用力，构成的晶体。
原子晶体是指相邻原子间以共价键相结合形成的具有空间立体网状结构的晶体。整块晶体是一个三维的共价键网状结构，它是一个巨分子，又称共价晶体。原子晶体一般具有熔、沸点高，硬度大，不导电，难溶于常见的溶剂等性质。
