1、投资回报不同非营利性民办学校不取得办学收益，办学结余全部用于办学。
营利性民办学校可以取得办学收益；办学结余依据国家有关规定进行分配。
2、产权处理不同非营利性民办学校出资举办的学校清偿债务后的剩余财产继续用于其他非营利性学校办学，营利性民办学校财产依法清偿后有剩余的，依照《公司法》有关规定（出资比例和股份）处理，具体办法由省、自治区、直辖市制定。
3、税收不同非营利性民办学校与公办学校享有同等待遇，按照税法规定进行免税资格认定后，免征非营利性收入的企业所得税。
营利性民办学校征收企业所得税，所得税税率待定。
