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厦门珍稀海洋物种自然保护区厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区位于福建省厦门市海域，总面积33088公顷。2000年4月4日经国务院办公厅正式批准设立，该保护区是在厦门市政府1991年批准建立的厦门文昌鱼保护区、福建省政府1995年批准设立的白鹭保护区和1997年批准设立的中华白海豚保护区基础上合并建立的。为保护珍稀海洋物种设立的国家级自然保护区，保护的主要物种有：文昌鱼、中华白海豚和各种白鹭等。
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厦门五缘湾栗喉蜂虎自然保护区厦门五缘湾栗喉蜂虎自然保护区位于厦门湖里区，保护区域五缘湾道以北、环岛干道以西、五缘湾西北侧支路及湖面西岸以东区域，总面积约40公顷，在栗喉蜂虎繁殖地骑马山和觅食地通屿湿地设立自然保护区，位市级自然保护区。主要保护栗喉蜂虎及其栖息、繁殖和觅食的自然生态环境。这也是目前已知的栗喉蜂虎在全球最北的繁殖地。保护区内最多记录有300多只栗喉蜂虎。除栗喉蜂虎的分布外，这个保护区还是厦门岛最重要的候鸟过境和越冬地，已记录鸟类有135种，占厦门市鸟类种数的40％，其中国家二级保护动物有9种。
