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崇明东滩鸟类自然保护区上海崇明东滩鸟类国家级自然保护区位于低位冲积岛屿——崇明岛东端的崇明东滩的核心部分，面积约32,600公顷，约占上海市湿地总面积的7.8，主要保护对象为水鸟和湿地生态系统。在长江泥沙的淤积作用下，形成了大片淡水到微咸水的沼泽地、潮沟和潮间带滩涂。区内有众多的农田、鱼塘、蟹塘和芦苇塘，沼生植被繁茂，底栖动物丰富，是亚太地区春秋季节候鸟迁徙极好的停歇地和驿站，也是候鸟的重要越冬地，是世界为数不多的野生鸟类集居、栖息地之一。
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九段沙湿地自然保护区上海九段沙湿地国家级自然保护区（Shanghai Jiuduansha Wetland National Nature Reserve）位于长江口外南北槽之间的拦门沙河段，地处东经121°46’～122°15’、北纬31°03’～31°17’之间，东西长46.3公里、南北宽25.9公里。保护区设立于2000年3月8日，是国家级自然保护区。保护区主要保护对象为稀缺的动植物及其湿地环境。
