1、新鲜虫草花应该在采收后放入洁净的器具内及时烘干或晾干，干燥后的子座放在密闭的塑料袋内储存或出售。采收后，根据不同的情况给培养基补充水分或营养液，保持适宜的温度可以让其恢复生长，还可再采收１～２茬子座。
2、新鲜虫草花在冰箱中保存最多存放半年时间，冰箱的冷冻格气温必须是在在０℃以下才可防潮、防蛀和防虫。如果超过正常的保存时间，那么虫草花就和其他储藏品一样容易发霉，到时候就无法食用了。
3、有些虫草花品质不是很好就不能保存很长时间，放在冰箱３个月左右即可全部取出使用，好的品质才可存放半年左右。一般看虫草花是否佳品，最简单的办法就是看其头部的子实体，这是其有效成分最集中的地方，子实体的数量、完整性、饱满程度等直接决定着虫草花的价格高低。
