科主任是行政职务，主任医师是专业技术职称。
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科主任是行政职务，主任医师是技术职场。
科主任大部分是主任医师来担任，主任医师不一定会担任科主任，就和大学的院长和教授的关系一样，一个学院院长只有一个，教授可以有很多。
要说二者水平怎么样，国内大三甲医院科主任的水平在科里大都是数一数二的，技术达不到难以服众啊，不过也有例外，比如如果院长是相关科室的，院长的学术水平可能是最高的，主任医师是参加工作达到一定年限，技术和经验达到一定水平，经过相关机构考核通过，医院聘用的技术职务，一般来说也是临床科室里技术属于第一层次的医师。
