1、消灭范围不同：消毒是对病原微生物的繁殖体产生致死作用。灭菌是杀灭物体中所有活的微生物。
2、消灭程度不同：消毒只能杀灭一部分病原微生物，如芽孢等微生物杀不死，因此消毒不彻底，不能代替灭菌。灭菌采用强烈的理化因素，使物体的所有微生物永远丧失生长繁殖能力。
3、方法不同：消毒方法较单一，主要借助化学物质进行。灭菌方法多样，多采用物理方法。
高水平消毒：杀灭一切细菌繁殖体包括分枝杆菌、病毒、真菌及其孢子和绝大多数细菌芽孢。达到高水平消毒常用的方法包括采用含氯制剂、二氧化氯、邻苯二甲醛、过氧乙酸、过氧化氢、臭氧、碘酊等以及能达到灭菌效果的化学消毒剂在规定的条件下，以合适的浓度和有效的作用时间进行消毒的方法。
中水平消毒：杀灭除细菌芽孢以外的各种病原微生物包括分枝杆菌。达到中水平消毒常用的方法包括采用碘类消毒剂（碘伏、氯己定碘等）、醇类和氯己定碘的复方、醇类和季铵盐类化合物的复方、酚类等消毒剂，在规定条件下，以合适的浓度和有效的作用时间进行消毒的方法。
低水平消毒：能杀灭细菌繁殖体（分枝杆菌除外）和亲脂类病毒的化学消毒方法以及通风换气、冲洗等机械除菌法。如采用季铵盐类消毒剂（苯扎溴铵等）、双胍类消毒剂（氯己定）等，在规定的条件下，以合适的浓度和有效的作用时间进行消毒的方法。
