1、心边材不同：印尼小叶紫檀心边材区别明显，边材白色至浅红褐色；心材黑色及不规则黑色心材；印度小叶紫檀边材多黄白色或者黄褐色，心材多橘红色，随着时间的推移颜色会逐渐变深，直至紫黑色。
2、密度不同：印尼小叶紫檀木材有光泽，气干密度1.01g/cm3，致密度较高，属于木材中难得的存在；印度小叶紫檀木材光泽度较好，气干密度1.05～1.26g/cm3，致密度在木材中属于较高的存在。
3、气味不同：印尼小叶紫檀无特殊气味；印度小叶紫檀有特殊的檀香味，这点可以当做鉴别真假的依据。虽然市面上叫紫檀的木材很多，但是国际上只认准印度小叶紫檀为真正的小叶紫檀。
印度紫檀属于花梨木树种，而印度小叶紫檀属于紫檀木类别。紫檀木和花梨木的木材特性本身就是不一样的，而且密度差异较大。通常情况下，木材气干密度并没有达到0.76克每立方米的，不能被称为花梨木，仅能被称为亚花梨木。根据这样严格的界定方式，据说，紫檀科树种中只有印度小叶紫檀达到了紫檀木的标准，其他的树种都被划到了花梨或者是亚花梨类中。
