最大的区别就是未来就业，一般大学中研究生留校并不容易，竞争压力大，出去社会应聘又有许多不确定因素和专业不对口的可能。
而国家研究机构的研究生，一般招生名额有限，招生明确，就是培养本研究院或国家机关或机构的研究和管理人才（比如社科院 核研究所等），所以就业目标明确，专业大部分对口，就业压力小。
但是，事物都是两面性的，比如，国家研究院的研究生，属于体制内人员，入学竞争压力大，出国访学机会少，甚至因私出国都要层层审批，去国外读博士或博士后机会少许多。
而高校研究生（除了军事院校）就没有此类限制。
从研究生学习过程看高校博导往往一人带领一组研究生，而研究院往往会出现一个课题组几位导师先后带领1～2个研究生。
从研究方向看，高校研究生偏重理论或发明研究，而国家研究院侧重国家重点课题和大型应用类项目和课题。
但是，以上经验不包含最近许多研究院委托高校开班的研究生小组或研究生班，此类还是属于高校研究生体系，多数并不在国家体制内。
但是，也有特例，少数前沿科技国家委托重点高校学院内研究所，设立研究专项课题组，并从国家研究院或军事学院委派导师，招收研究生入取要求除了学历和考试等因素外，录取前政审非常严格，学生一旦录取就获得事业或机关编制，甚至军衔警衔，比如一些国家重点高校早年的无人机研究所 航空航天研究所 司法研究所等。
所以各位同学在选择读研高校或研究机构前，务必仔细了解。
