伊犁鼠兔习惯群居，挖洞或利用天然石隙群栖。白天活动，常发出尖叫声，以短距离跳跃的方式跑动；不冬眠，有储备食物的习惯，当冬天来临时，依赖所储备的食物过冬；为草食性动物，多以金莲花、虎耳草、雪莲等高山植物为食。
近年来，随着栖息地的面积缩小，伊犁鼠兔的数量也越来越少，总数不到1000只，比国宝大熊猫还要少。伊犁鼠兔的栖息地位于天山海拔在2800-4200米的陡峭裸岩壁缝和岩洞中。在长期的风雪和雨水冲刷下，陡峭裸岩石经常发生风化剥蚀和崩塌，动物的栖息环境越来越恶劣。伊犁鼠兔被隔离在各个山头之间，形成彼此分割的“孤岛”生活状态，所以它们只能近亲交配，导致伊犁鼠兔幼崽反应迟钝、缓慢。
