区别是石钟乳是自上而下的生长，石笋是自下而上的生长，石钟乳生长在洞顶，而石笋生长在洞底。石笋可以有不同的形状，水滴的流量、滴水的高度以及地面的状况均会影响石笋的形状。钟乳石的形成往往需要上万年或几十万年时间。由于形成时间漫长，钟乳石对远古地质考察有着重要的研究价值。
二者的形成是碳酸钙遇到溶有二氧化碳的水时，会反应生成溶解性较大的碳酸氢钙，溶有碳酸氢钙的水遇热或当压强突然变小时，溶解在水里的碳酸氢钙就会分解，重新生成碳酸钙沉积下来，同时放出二氧化碳。洞顶的水在慢慢向下渗漏时，水中的碳酸氢钙发生上述反应，有的沉积在洞顶，有的沉积在洞底，日久天长洞顶的形成石钟乳，洞底的形成石笋。或是另一种可能，石峰底座，由于地史时期地下水的长期溶蚀，河水的长期冲击，渐渐地形成了溶洞。溶洞继续被溶蚀扩大，而溶于水中的石灰岩溶液，从洞顶往下滴，甚至往下流，促进二氧化碳进一步扩散，同时溶液受蒸发作用，形成饱和，剩余的碳酸氢钙沉淀，就形成了石笋，石钟乳。
