1、水分和热量：高温多雨，水热条件优越的地区，生物种类丰富。
2、自然环境复杂：气候复杂的地区，生物种类丰富；水域环境复杂，水生生物丰富；地形复杂，起伏大的地区，生物种类丰富。
3、环境变迁与突发事件：如地质时期的冰期导致多样性减少；陨石撞击地球导致恐龙灭绝；全球变暖，臭氧层破坏导致生物多样性减少；环境变化导致食物缺乏等。
4、天敌与外来物种的干扰：最主要原因是人类的滥捕滥猎、人类的生产和活动及污染排放破坏生态环境（如食物链的破坏、对动物栖息地的破坏、动物食用被污染的食物等），导致生物多样性减少。
