平均海拔在3500-4000米之间。山势南高北低，河谷地势西北高、东南低，山川呈西北至东南走向。境内最高海拔四姑娘山主峰6250米，与东侧岷江出境处水平距离仅59公里，高差却达5470米。全州高原和山地峡谷约各占一半。高原包括高平原、丘状高原、高山原。山地峡谷主要有低中山、中山、高山、极高山和山原，其间分布平坝或台地。阿坝藏族羌族自治州境地层出露，受龙门山古陆和古海湾阻隔，形成两大地层分区。地质构造总属四川省西部地槽区，并处在东部地台区与西部地槽区的梯级过渡带——龙门山褶断带上。全州地表整体轮廓为典型高原，地势高亢，高原由丘状高原面和分割山顶面组成。
