二者的区别在于酸碱度不同。纯净水是不含有任何的有机体和无机体的弱酸性饮用水。弱碱性水是经过后期的人工材料添加生产出来的含有矿物质和微量元素等有机营养物质的水，也不排除优质水源的直接生成。目前，在我国桶装饮用水市场上，主要有纯净水、矿泉水、泉水和天然水、矿物质水等。
在营养学上，一般将食品分成酸性食品和碱性食品两大类，主要是依照食品中的营养素在身体中的代谢产物来区分。例如，肉类包含饱和脂肪酸，在人体内代谢后的产物呈酸性，所以把它归为酸性食品。而柠檬虽然吃起来很酸，但是它的代谢产物为碱性，所以把柠檬归类为碱性食品。
这与饮用水的pH值是不同的。人体几乎是直接吸收水的，而不需要经过消化系统的"燃烧消化"过程。水和水中的矿物元素能被人体消化系统直接吸收成为体液的一部分。水对人体酸碱平衡的维持有着重要的影响。
