苗族先民有自己崇拜的图腾。由于苗族支系繁多、分布广，他们崇拜的图腾有多种。如凤凰、枫木、蝴蝶、神犬（盘瓠）、龙、鸟、鹰、竹等。黔东南地区的苗族先民把枫木作为图腾进行崇拜，认为自己的祖先源于枫木。
另外他们还把蝴蝶作为图腾，认为其祖先姜央是“蝴蝶妈妈”所生。湘、鄂、川、黔交界地区的苗族先民还以盘瓠为图腾，至今这一带还保留了不少盘瓠庙、辛女宫。而贵州西部苗族则以鸟为图腾。
苗族信鬼尚巫源远流长，新中国成立后仍很普遍，所信的鬼神多达几十种。他们把鬼分为善、恶两类：认为善神能赐福于人，为此应该经常祭献，恶鬼则与人作祟，降灾降祸，应当祈解和驱逐。认为要达到此目的，就要通过巫师实行巫术。
巫师是沟通人与鬼神的中介人，有较高的文化素养，受到苗族群众的敬重。巫师实行的巫术主要有占卜、禳解、招魂等。
