影像技术属于临床医学的一部分。
单论学科实力，不考虑学校综合实力，南京医科大学影像技术要好于南京大学医学院的影像第四轮全国学科评估，南京医科大学的临床医学评为B+，全国排11-17之间，南京大学的临床医学没有上榜。
这个不仅仅是单纯比较两个学校的问题。
首先影像学研究生的导师都是各个医院的影像科的医生，所以比较的时候还是要具体到医院才能得出确切的结果，比如，无锡市人民医院招收南京医科大学影像学硕士研究生，江苏省人民医院也招收南京医科大学的影像学硕士，同样毕业后都是南京医科大学的硕士研究生，但是后者的影像学要远好于前者，临床、影像、检验、等研究生的培养都是由医院的医生来承担，也即附属医院和教学医院。
这是从专业表现来比较的，但是现实中，如果找工作，南京大学可能要比南京医科大学好些，毕竟前者是985和双一流，筹码多些。
综上，要做比较，需要你做足功课，包括医院，综合比较，根据你自己所需而排名
