净出难题呀，想比出差别来太难了，地域、历史、质量、声誉都差不多，但重点专业上还是有差别的。
共同点：都是由原来的工学院、师范学院、化学工业（齐大）、医学院（佳大）合并而成，这三类专业的水平都差不多，都是老专业也都挺厉害。
差别点：佳木斯大学的口腔医学、材料工程，尤其是口腔医学全国闻名，是最早的国家重点专业，比哈尔滨医科大学的口腔医学厉害。
齐齐哈尔大学的英语、化学，尤其是英语也是最早的国家重点专业，比哈尔滨师范大学厉害。
所以两所大学都挺好，只是地理位置差一些，如果搬到哈尔滨，不会次于哈师大或科技大学等。
结论和建议：工科、师范、医学类专业都很好，两所大学水平无差别。
重点专业有所不同：佳大的口腔、材料，齐大的英语、化学在全国也是上数的。
这两所学校的整体实力几乎是一样的，但优势学科不一样。
齐齐哈尔的地理位置稍微好一点。
