杂交育种子代基因组全部来自父本和母本，不会产生新基因。
现在口语中的杂交育种一般包含两种可能的意思：真正意义上的杂交育种和杂种育种（利用杂交优势），两者的区别如下。
杂种育种也叫F1杂交或异花授粉，即有意地将一个品种的花粉转移到另一品种的柱头上，成功授粉产生有活力的种子。
第一代后代（F1）植物一般表现出在生长、抗逆、产量和品质上比其双亲都优越，也叫杂交优势，但是第二代会衰退，F1的种子不能产生与其父母具有相同特征的后代，F1基因型是杂合子，自交后会发生性状分离，因此不能保种，杂交水稻就是典型例子。
异花授粉要求亲本植株具有亲和性。
真正意义上的杂交育种，将两个品种反复近亲繁殖，直到获得非常稳定的纯合品种，基因型是纯合子，可以稳定遗传。
杂交育种可以将多种优良基因结合于一体或者将多基因性状（产量，高度等）多种微效基因集合在一起，使子代性状超过亲本，在畜牧行业中非常常见（如下图），选择个子高的跟个子高的繁殖后代一般比两个亲本都要高。
航天育种属于诱变育种的一种，太空中的失重环境及各种射线相当于诱变剂，在现有基因组的基础上诱导发生随机的基因改变，产生新的等位基因，突变具有偶然性，大概率是有害突变，有益改变较少，育种成功后性状可以稳定遗传。
基因工程育种通过操纵特定基因（一般来自别的物种）并将其转移到该生物基因组中，从而生产出具有特殊性状和有价值特征的品种，带有重组基因的生物体被称为转基因生物（ genetically modified organism，GMO）， genetically modified organism，这是无亲缘物种之间传递有益性状的唯一方法，如Bt玉米，抗农达大豆。
利用基因工程，也能使细胞产生正常情况下无法制造的特殊的、有价值的分子，如人体胰岛素、干扰素、生长激素等。
获得的新性状同样可以稳定遗传。
另外需要提一下CRSPR基因编辑技术，基因编辑技术的操作过程类似基因工程技术，但是结果相当于定点诱变，未引入新基因，在原有的基因组的基础上发生定向的基因改变。
各种育种方法的一些比较可以参考下图
科学家认为太空育种主要是通过富真空微重力和大量银河宇宙射线的强辅射等，等太空综合环境因素诱发植物种子基因变异，引起基因突变，由于亿万年来地球植物的形态生理和进化始终深受地球重力的影响一旦进入失重。
