分子和原子都是肉眼无法直接观察到的微观粒子。
分子是保持物质物理化学特性的最小粒子，也就是说，分子不同物质就一定不同，相同物质的分子也一定相同。
原子是化学反应中的最小粒子，化学反应的过程不同原子会发生组合，但原子本身在化学反应中是保持不变的。
需要注意的是，原子是不能独立存在的，而分子可以。
一个分子是由1到N个原子组成的，原子还不是组成物质的最小粒子，它还可以被细分为质子、中子、电子，质子还能再被细分为夸克，随着科技的进步，物质尺寸的边界还会被不断突破。
原子除了可以组成分子外，还可以形成离子等物质——原子的种类是相对少的，不同的原子以不同的数量和构型组成数量极其庞大的不同的分子。
打个形象的比方，原子像是砖块，不同种类的原子就像是不同颜色的砖块，这些不同的砖块可以修筑各种各样不同的墙和建筑。
比如，氧原子（O）可以组成氧气分子（O2）也可以组成臭氧分子（O3），也可以和其他原子组成更多不同的分子化合物。
作个简单通俗解答：可以认为提问的内容是化合物与单质的区别，化合物对应分子，单质对应原子。
由一种元素的原子构成的物质是纯单质，如常见的金属铁、铜等。
由二种或二种以上元素的原子构成的物质是化合物，如水由H(氢)、O(氧)化合而成，硫酸由S(硫)、H(氢)、O(氧)化合而成。
这里：化合物与混合物不是一个概念，你懂的。
化合物不是由原子直接构成的，而是由分子、分子链构成的。
有些化合物的分子是由一种元素的原子构成的。
如常见气体氧气、氢气等，这种结构我们应该称它为纯合物。
在自然界中，以单质自然存在的物质相对比化合物要少得多，其原因是化合物更趋向稳定。
所以分子与原子的区别，最终是物质的稳定存在与不稳定的消失的区别。
