药学专业可以考临床医学研究生，但相对较难，因为初试要准备西医综合，其中很多内容药学专业并不涉及，要自己自学，复试时有些专业的导师会偏向于临床医学专业考生，所以困难相对较大，但是如果努力的话，还是可以考上的，不过非临床专业只能考学术型研究生，不能考专业学位研究生。
学术型研究生入学后先学一年理论课，后两年按导师安排，或在你所报考的科室实习，或做与你所报考的专业相关的专题科研工作，也有实习一年，作专题一年的，作专题期间要完成毕业论文，毕业后授予医学硕士学位。
专业学位研究生入学后先上半年理论课，再在相关科室轮转实习一年半，就比如你报普外科，就先要到心外、骨科、神外等科室轮转，第三年再到你所报考的科室定科实习一年，期间完成毕业论文，毕业后授予临床医学硕士学位(M.M.)。
你本科为药学，那么就是非临床专业，在学术型研究生毕业以后，不能马上报考执业医师执照，需要在执业医师的指导下工作一年才能报考，如果本科是临床专业就可以在研究生毕业后直接考执照了。
鉴于你本科非临床，所以不推荐你考外科，因为外科操作性很强，所以导师比较喜欢有临床实习经验的考生，也就是医学专业考生，你考起来相对较难，复试风险很大。
比较推荐考内科，因为主要是药物治疗，有时导师还希望要一些对药物了解比较深入的考生。
