因为文昌鱼是比鱼类低等的海洋动物，本质上属于古老的脊索动物。文昌鱼有2属12种，又名“鳄鱼虫”、“蛞蝓鱼”。它们体型较小，只有3厘米~6厘米长，身体半透明，头尾两头尖，外形上具有玲珑通透的美感。文昌鱼由于味道鲜美而被广泛捕捞，导致其数量稀少，其是国家二级保护动物。
1923年，美国生物学家莱德在厦门考察时发现了文昌鱼。当地渔民说，每年闽南一带传说中的神仙文昌帝君诞辰前后，这种鱼才出现，故名“文昌鱼”。莱德随后向世界宣布了这一发现，引起了国际生物学界的震动。
大约在5亿年前，地球上最早的无脊椎动物与脊椎动物之间的过渡类型——脊索动物文昌鱼就出现了。经过了漫长的岁月，脊索动物演化为各种脊椎动物，其中包括类人猿。
因此，文昌鱼在物种起源方面具有世界意义。作为无脊椎到脊椎的过渡的代表，文昌鱼堪称“生物进化史上的活化石”。
