1、是否进行基因改造：转基因玉米，是通过现代分子生物学技术对特定的玉米株系进行的基因工程改造，主要提高对害虫的抗性和除草剂的忍耐性；而普通玉米则未使用基因生物改造技术。2、是否包含转基因成分：在国内，与转基因玉米相比，普通玉米不含有任何转基因成分。3、争议不同：转基因食品主要有对健康、环境、伦理和国家安全问题的争议，而常规玉米则有病虫害等外来威胁造成的争议。
转基因玉米和非转基因玉米的区别
玉米，又名苞谷、苞米棒子、玉蜀黍、珍珠米等，是禾本科的一年生草本植物，原产于中美洲和南美洲。它是世界重要的粮食作物，广泛分布于美国、中国、巴西和其他国家。与传统的水稻、小麦等粮食作物相比，玉米具有很强的耐旱性、耐寒性、耐贫瘠性以及极好的环境适应性。玉米的营养价值较高，是优良的粮食作物。
而转基因玉米是一种转基因作物。转基因技术是利用现代生物技术，将人们期望的目标性状基因，经过人工克隆，通过转基因操作转到受体生物，从而实现改良受体生物原有的性状或赋予其新的优良性状。转基因玉米作为生物技术产业化重大成果，已在世界各地普遍应用。
在欧盟，只要某食品中的转基因成分总量不超过0.9%，这个食品就不需要标注为转基因食品。因此，转基因玉米与常规玉米的区别在于包含的转基因成分总量。而在我国，只要在玉米中检测到转基因成分，该食品就必须要标注为转基因玉米，而不含转基因成分的才是常规玉米。
