1、本质不同：真核生物有核膜包被，而原核生物没有。2、结构不同：真核细胞有核膜（成形的细胞核）和多种细胞器，原核细胞无核膜（成形的细胞核）、细胞器，只有核糖体。3、基因存在位置不同：真核生物的基因存在于细胞核、线粒体和叶绿体内，原核生物的基因主要位于拟核和质粒。
4、分类不同：真核生物分为动物、植物和真菌，而原核生物有细菌、蓝藻、衣原体、支原体、立克次氏体、放线菌等。5、与蛋白质结合不同：真核生物的细胞核内的DNA与蛋白质结合，构成染色质/染色体；而原核生物的DNA呈裸露的环状，一般不与蛋白质结合。
原核生物与真核生物的区别
原核生物是指一类细胞核无核膜包裹，只存在称作核区的裸露DNA的原始单细胞生物。它包括细菌、放线菌、立克次氏体、衣原体、支原体、蓝细菌和古细菌等。它们都是单细胞原核生物，结构简单，个体微小，一般为1～10 µm，仅为真核细胞的十分之一至万分之一。
真核生物是所有单细胞或多细胞的、其细胞具有细胞核的生物的总称，它包括所有动物、植物、真菌和其他具有由膜包裹着的复杂亚细胞结构的生物。 真核生物与原核生物的根本性区别是前者的细胞内有以核膜为边界的细胞核，因此以真核来命名这一类细胞。
