申报了未开票收入后又补开发票，必须按已开具发票的金额进行纳税申报，多交一笔税款，明显不合理也不合法。
建议对于已申报未开票收入，补开发票业务在次月申报时，税务机关应允许企业据实在《增值税纳税申报表附列资料（一）》“开具增值税专用发票”或“开具其他发票”栏次填列正数，同时在“未开具发票”栏填列相应的负数。
对于在“未开具发票”栏填列负数导致的企业虚开发票或虚假申报的风险，可以通过增加申报比对规则及加强后续管理来解决。
对此，总局已有过明确答复。
按照《国家税务总局关于调整增值税纳税申报有关事项的公告》（国家税务总局公告2019年第15号）规定，纳税人2019年4月补开原16%税率的增值税专用发票，在纳税申报时应当按照申报表调整前后的对应关系，将金额、税额填入4月税款所属期的《增值税纳税申报表附列资料（一）》第1行“13%税率的货物及加工修理修配劳务”“开具增值税专用发票”相关列次。
同时，由于原适用16%税率的销售额已经在前期按照未开具发票收入申报纳税，本期应当在《增值税纳税申报表附列资料（一）》第1行“13%税率的货物及加工修理修配劳务”“未开具发票”相关列次填写相应负数进行冲减。
上年确认的未开票收入，本年补开发票之后，涉及的不仅仅是账务问题，还有税务问题。
其实从会计角度来分析，这个问题的关键并不是开具发票的问题，而是对收入的确认问题。
在账务处理方面，未开票收入既然已经确认，在补开发票时就不需要再次进行账务处理在企业的经营业务当中，有一部分是先在会计上确认收入，再补开发票的。
根据企业会计准则，会计上确认收入条件，包括以下5个方面：1、企业已经将商品所有权上的主要风险报酬全部转移给购买方；2、既没有保留通常与所有权相连接继续管理权，也没有对已售出商品实施控；3、收入的金额能够可靠计量；4、经济利益很可能流入企业；5、相关的成本能够可靠计量。
其实只要同时符合上述5个条件，就能够确认收入。
而且可以看出，会计上对于收入的确认并不会把发票的开具情况作为考虑因素之一。
所以既然已经确认了收入，不管有没有开发票，都应该及时进行账务处理，所以补开的发票时就不存在二次账务处理的问题。
在税务处理方面，未开票收入的税款所属期就进行了纳税申报，补开发票时，就需要在申报方面进行正确的处理，避免重复交税。
如果纳税人还没有开具发票，就确认收入，在申报的时候，应当将未开票收入填写在申报表的对应栏次。
在税务上及时确认纳税义务，避免产生滞纳金。
在补开发票的属期进行申报的时候，因为该笔收入已经进行了纳税申报，所以应当将补开发票金额的负数填写在未开票收入的相应栏次，避免重复交税。
未开票收入在税务处理方面相对比较繁琐，确认收入当期进行纳税申报时，在“未开具发票收入”栏次填写正数，而在补开发票当期进行纳税申报时在“未开具发票收入”栏次填写负数，这样既可以避免推迟确认纳税义务的风险，又可以避免产生重复纳税的问题。
