核糖体是细胞中的一种细胞器，是由rRNA和蛋白质组成的。
原核细胞中核糖体的rRNA分为3种，分别为5S、16S及23S。
S是sedimentation coefficient的缩写，可以理解为3种不同大小的rRNA。
所以16S rRNA是核糖体中的一种rRNA，而16S rDNA指的是转录生成16S rRNA的基因。
宏基因组指的是一个样品中所有微生物DNA的总和。
譬如，菌落结构分析时，需要分析一个样品中不同微生物占所有微生物的比例，进行高通量测序，通过分析特定序列在全部测序结果中的比例来计算相应微生物占所有微生物的比例。
全基因组指的是一株菌中的全部DNA。
譬如，通过全基因组测序对某株菌中所有的遗传信息进行测序，然后对其基因进行分析。
