办学经费来源不同:民办大学利用的是民间资金；公办大学资金由国家投入。
主管部门不同:民办大学一般由省、市、自治区教育厅管理；公办大学由省、市、自治区政府(国家部委) 管理。
收费不同:民办大学收费是是公办大学收费的3~4倍。
生源质量不同:目前绝大多数民办大学所收学生分数较低，生源质量较差。
独立学院往往冠着某名牌大学的名字，但是其毕业证与母体大学无关，根本上来讲，还是民办高校，部分有“公立”的名头，但不存在“公办”一说。
不过民办大学和公办大学国家都承认学历，在参加用人单位招考时享有同等待遇。
也就是说，不管公办大学还是民办大学，学到真本事才是硬道理。
绝大多数省，已经把二本(公办大学)和三本(民办大学)合二为一，都称为二本，每年高考结束之后同时招生，这就为民办大学和公办大学之间的竞争提供平等机会，相信将来会有大批优秀的民办大学的出现。
