马德里康普顿斯大学共有11个大学学院，其中有5个是大学基础普及教育学院，6个是大学专业学院（企业研究学院、光学学院、统计学学院、护理与理疗学院、社会工作学院、图书馆学与文献学院）。学院的学制通常为3年，主要从事大学基础教育。
马德里康普顿斯大学的科系完整，课程由古典文学到尖端科技均有开办。学生的选择甚多，其中以药学、法律、政治、教育、地质学、药剂、兽医等学科最为有名。学制为5年，前三年主要是基础及共同科目，后两年则是专业科目。
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