圣保罗大学设置的学院有：
圣保罗市学区：
艺术，科学和人文科学学院（EACH）
通讯及艺术学院（ECA）
体育教育及运动学院（EEFE）
护理学院（EE）
理工学院（POLI）
建筑与城市规划学院（FAU）
药学学院（FCF）
法律学院（FD）
经济，管理和会计学院（FEA）
教育学院（FE）
哲学，文学及人文科学学院（FFLCH）
医学院（FM）
兽医和动物科学学院（FMVZ）
牙医学院（FO）
公共卫生学院（FSP）
天文，地球物理和大气科学研究所（IAG）
生物科学研究所（IB）
生物医学科学研究所（ICB）
能源与环境研究所（IEE）
高级研究所（IEA）
巴西研究所（IEB）
物理研究所（IF）
地球科学研究所（IGC）
数学与统计研究所（IME）
圣保罗热带医学研究所（IMT）
心理研究所（IP）
化学研究所（IQ）
国际关系研究所（IRI）
海洋研究所（IO）
Bauru市学区：
Bauru牙医学院（FOB）
São Carlos市学区：
São Carlos工程学院（EESC）
建筑与城市规划学院（IAU）
数学与计算机科学学院（ICMC）
São Carlos物理研究所（IFSC）
São Carlos化学研究所（IQSC）
Lorena市学区：
Lorena市工程学院（EEL）
Piracicaba市学区：
农业应用核能中心（CENA）
Luiz de Queiroz高等农业学院
Pirassununga市学区：
动物科学与食品工程学院（FZEA）
Ribeirão Preto市学区：
Ribeirão Preto体育教育及运动学院（EEFERP）
Ribeirão Preto护士学院（EERP）
Ribeirão Preto药学部（FCFRP）
Ribeirão Preto法学院（FDRP）
Ribeirão Preto经济学，管理及会计学院（FEARP）
Ribeirão Preto哲学，文学及人文科学学院（FFCLRP）
Ribeirão Preto医学院（FMRP）
Ribeirão Preto牙医学院（FORP）
以上学院提供的科系有：
管理学，建筑与城市规划学 ，表演艺术学，视觉艺术学，天文学，视听学，图书馆学，农业科学，精算学，生物科学，生物医学科学，会计学，计算机科学，自然科学，食品科学，理科专业，分子生物与物理科学，社会科学，设计，法律，商业经济与控制学，经济学，出版，体育教育和体育，沟通教育学，护理学，航空工程，农业工程，环境工程，生化工程，土木工程，食品工程，生物系统工程，计算机工程，工程材料与制造学，材料工程，采矿工程，石油工程，生产工程，电气工程，工程物理学，林业，机械工业，机电一体化，冶金工程，海洋工程，化学工程，统计学，药剂学，生物化学，哲学，物理，计算物理，医学物理，物理治疗，言语治疗，地球科学与环境教育，地球物理，地理，地质学，老人学，环境管理学，公共政策管理，历史，生物医学信息，新闻系，休闲及旅游研究，言语及外语学，市场营销，数学，商业应用数学，应用数学与科学计算。应用数学与计算机，应用数学，兽医学，医学 ，气象学，音乐，营养与代谢学，营养学，妇产学，海洋学，牙科，教育学，心理学，广告学，化学，国际关系，公共关系，公共卫生，信息系统，职能治疗，纺织品和服装学，旅游学，动物科学。
