鲟科最早可以追溯至7000万年前的白垩纪，而浅色鲟鱼一直没有主要改变，可以说是一种由恐龙时代留下来的遗迹。
早期的DNA研究认为浅色鲟鱼及密西西比铲鲟是同一物种。但是于2000年的研究，在比较所有三种铲鲟属的DNA序列后，才发觉它们分别为三个独立的物种。2001年及2006年间的几项研究发现在北部的浅色鲟鱼是生殖隔离的，且与路易西安纳州阿查费耶拉河（Atchafalaya River）的南部群落在基因上有所不同。不过这种不同并非是物种层级的。
浅色鲟鱼的南部群落在密苏里河盆地中部与密西西比铲鲟的混种较多，而北部群落则较少。在阿查费耶拉河有最多的混种。混种的基因与浅色鲟鱼的不同，但与密西西比铲鲟的无法区分。混种是否能够生殖仍未知。
