1、学校类别不同
西湖大学是非营利高端科研机构，而南方科技大学是公立大学。
2、专业数量不同
西湖大学将分批规划设置生物学、生物医学工程、药学、物理学、数学、化学、基础医学、计算机科学与技术、电子科学与技术、光学工程、材料科学与工程、机械工程等12个一级学科，但主要还是集中在理学、生命与健康、前沿技术3个学科门类。随着大学的发展，西湖大学将适时设立人文社科学院和相关学科。
南方科技大学设置了18个院系中心，开设了29个本科专业。
3、创办时间不同
西湖大学的前身为浙江西湖高等研究院（成立于2016年），由清华大学副校长施一公教授、南方科技大学校长陈十一教授、中国科学技术大学常务副校长潘建伟教授、北京大学理学部主任饶毅教授等科学家发起筹建。2018年2月14日，教育部正式批复同意浙江省设立西湖大学。
2010年12月，教育部同意筹建南方科技大学。2012年4月，教育部同意建立南方科技大学，并赋予学校探索具有中国特色的现代大学制度、探索创新人才培养模式的目标。
