有区别。公立大学用的是纳税人的钱，因此不能传播宗教教义之类的内容。公立学校在课程设置方面也不能有”洗脑“性的安排。而这些都在教会学校里出现。近十几年来，许多排名较高的教会大学逐渐淡化了宗教特征。比如，宗教内容的课程作为选修课向学生开放，不硬性要求学生参加宗教仪式等等。
教会学校相对公立学校而言，或许更严格、严谨。在学生管理方面更规矩、更趋向社会传统意识，因而培养出来的学生更容易进入美国主流社会。在学术方面，教会学校并不仅不不比公立学校差，从比例上看可能比公立学校更高。原因是教会学校拥有更为优秀的教师队伍。
要注意的是，不要进那些极端的教会学校（通常这些极端教会学校也不会对外国学生开放）。
