可以存放在学校，人才中心或者留学服务中心。
1、户口档案留校
有的学校可以免费保留一定年限（一般是两年），要上交的材料视学校具体情况而定。两年以后如果没有接收单位，档案户口打回原籍（这是一个比较严重的问题，因为返回原籍的过程可能丢失），学校不再为其发放就业报到证。
毕业生凭用人单位录（聘）用手续、劳动合同和《普通高等学校毕业生证书》办理落户手续。优点：由于学校的诚信度较高，代为保管户口关系和档案，提供就业咨询、就业信息、就业指导等与落实就业单位有关的服务，老师尽心尽力，而且不收取额外费用，学生自由度较大，安全性高，可以以应届毕业生的身份参加公务员考试等。
缺点：毕业生档案留校只是延长了择业期，与学校没有人事隶属关系，涉及人事关系的证明都不能出具。另外，档案留校期间不计算工龄。留学期间的档案空白（学校没有资格填写留学期间的经历)。
2、人才市场
办理流程：毕业生填写好单据之后，档案由学校统一派送到所在区域的人才交流市场，学生可以到此人才交流市场认领人事档案并进行托管。
优点：在当地就业手续简便。
缺点：失去应届毕业生的身份。留学期间档案空白，不算工龄。
这种方式最大的弊病就是失去了应届生的身份，找工作的时候会按照社会人员的标准，可能会存在一些国家补贴、福利方面的不同。
3、留学人员服务中心
服务对象：下列人员不受地域和户口限制，均可委托留学人员档案室代管档案：
（一）国内高校毕业直接赴国（境）外攻读学位的留学人员（无工作经历）。
（二）国内高校在读期间办理完毕退学手续，直接赴国(境)外攻读学位的留学人员。
（三）国内高中毕业后，直接赴国（境）外攻读学位的留学人员。
扩展资料
档案保管费：根据有关文件规定，从2015年1月1日起取消收取流动人员的档案保管费。以上材料审核无误后，留服会为学生开具“留学人员人事档案调转协议书”、“调档通知单”。存档人员需凭"调档通知单"到原档案保管机构调档并转至留服。后面也是凭“调档通知单"调档。
注：1、自费出国留学的高校应届毕业生（属未就业）离校时，户口和档案的转移请按国家有关规定和各高校的要求转至原户籍地。
2、符合存档条件的留学人员首次办理存档手续时，如档案保管在个人手中，请先将档案退回至原存档机构保管或将档案存入原户籍所在地的档案保管机构，之后持所需材料前来我处申请办理 “调档通知单”，再到档案保管机构调档。
3、从2015年8月起，根据中组部“组通字【2015】33号”文《中共中央组织部关于做好高校毕业生党员组织关系管理工作的通知》中的规定，将不接收党员组织关系。
参考资料来源：中国留学网-自费出国（境）留学存档
