简单说，同宗同源复杂点说，历经多次调整，目前盘根错节的纠葛在一起的一对好基友。
两校在绝大多数省份招生，录取位次非常接近，南京大学会稍微占上风。
南京大学（Nanjing University），简称“南大”[1] ，是教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学，国家首批“双一流”、“211工程”、“985工程”高校，首批“珠峰计划”、“111计划”、“2011计划”、“卓越计划”实施高校，也是九校联盟、中国大学校长联谊会、环太平洋大学联盟、21世纪学术联盟和东亚研究型大学协会成员 南京大学是中国第一所集教学和研究于一体的现代大学[5-6] ，其学脉可追溯自孙吴永安元年（258年）的南京太学，近代校史肇始于1902年筹办的三江师范学堂，先后历经多次变迁。
1920年在中国国立高等学府中首开“女禁”，引领男女同校之风。
最早在中国开展现代学术研究，建立中国最早的现代科学研究实验室，成为中国最早的以大学自治、学术自由、文理为基本兼有农工商等专门应用科、集教学和研究于一体为特征的现代大学。
《学衡》月刊的创办，使得南京大学成为中西学术文化交流的中心，被誉为“东方教育的中心”。
1949年由民国时期中国最高学府“国立中央大学”易名“国立南京大学”，翌年径称“南京大学”，沿用至今。
南京大学是中国现代科学的发祥地 ，是哈佛大学白碧德主义影响下的中国“学衡派”的雅集地，被誉为“中国科学社的大本营和科学发展的主要基地”，被杨振宁称赞为“中国最顶尖的大学”，也是“985工程”首批九所高水平大学中唯一未合并其他院校的高校，坚持“内涵发展”，保持“原汁原味”办学优势与特色，赢得社会“中国最温和的大学”之美誉。
东南大学（Southeast University），简称“东大”，位于江苏省省会南京市，是教育部直属的副部级全国重点大学，著名的建筑老八校及原四大工学院之一，入选国家“双一流”（世界一流大学和一流学科）建设高校、“211工程”、“985工程”，是“卓越工程师教育培养计划”、“卓越医生教育培养计划”、“2011计划”、“111计划”入选高校，“卓越大学联盟”、“中俄工科大学联盟”、“中欧工程教育平台”、“长三角高校合作联盟”主要成员。
东南大学是中国最早建立的高等学府之一，素有“学府圣地”和“东南学府第一流”之美誉，其前身是创建于1902年的三江师范学堂。
1921年经郭秉文先生倡导，以南京高等师范学校为基础建立国立东南大学，下设工科，其后工科又经历国立第四中山大学工学院、国立中央大学工学院、国立南京大学工学院等历史时期；1952年全国院系调整，以原南京大学工学院为主体，并入复旦大学、交通大学、浙江大学、金陵大学等学校的有关系科，在中央大学本部原址建立了南京工学院；1988年5月，学校复更名为东南大学；2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入，组建新的东南大学。
至2017年4月，东南大学占地面积5888亩，建有四牌楼、九龙湖、丁家桥等校区；设有29个院（系），拥有76个本科专业；有全日制在校生31470人，其中研究生15017余人，在校留学生人数达到1813人
谢谢邀请，南京大学和东南大学应该是兄弟关系，民国时都是中央大学，后来分家了，南京大学带走了家谱(各种信件证明和官印)，东南大学留在老家守住一片家产，现在南大和东南都在争谁是中央大学的正子正孙，南大说我有官方印件证明我是正式中央大学继承人，东南说我一直就是中央大学，因为我一直没有离开家现在只是用了曾经的小(名(中央大学以前也叫东南大学)，至于其它什么河海南师南农之类学校只能算是出自中央大学，没有争的资格，论理科南大强，论工科东南强，总体实力南大略强于东南，两校虽然相互争辩，但也是惺惺相惜，撑起了江苏教育的大局面，祝愿两更好。
