中马1972年1月31日建交以来，一直保持友好合作关系。双方高层互访频繁。经贸合作发展顺利。两国签有《贸易和经济合作协定》。2007年5月，商务部副部长与马外长弗南多在北京共同主持召开了中马政府经贸混委会第七次会议，双方就如何挖掘两国经贸合作潜力、提升合作水平进行了探讨。2007年双边贸易额为7.03亿美元，下降14.8%。其中中国进口3.76亿美元，增长7.2%；出口3.27亿美元，下降31.1%，主要原因是中国向马耳他出口的空气调节器和钢材数额较2006年有所下滑，导致双边贸易额整体有所下降。双方正朝着实现贸易平衡方向而积极努力。
中马在文化、教育、卫生、民政等领域的交流与合作增多，签有多个合作文件。上世纪九十年代，中国在马耳他设立了地中海地区中医中心，现每年为患者提供治疗近5000人次，并通过举办培训等活动，在马耳他的影响越来越大。2003年9月19日，中国在马耳他正式成立中国文化中心。2008年，该中心已成为传播中国文化、促进中马两国人民相互了解和友谊的重要平台。2008年，《中国秦始皇兵马俑展》在马举行了为期近半年的展览，参观总人数占马全国人口的近1/5。中国赴马耳他的留学生逐年增多。此外，中国已将马耳他列为中国公民出境旅游目的地国，双方签署了关于互免持外交和公务护照人员签证的协定；两国负责老龄事务的部门已进行了多年合作，效果良好。
2010年4月，阿贝拉总统来华出席上海世博会开幕式期间意外受伤，胡锦涛主席亲往探望并派专机送阿贝拉总统回国。2011年初利比亚国内局势发生动荡后，马耳他政府积极支持、配合中方撤离滞留利比亚的中国公民。2014年，国务院总理李克强会见来华出席“生态文明贵阳国际论坛2014年年会”的马耳他总理穆斯卡特。会见后，两国总理共同见证了《中马政府合作中期规划谅解备忘录（2014-2019）》的签署。
