一是工程签证哪些要签证，哪些不能签证，没有详细的规定，造成工程签证存在随意性。施工企业认为对自己有利的就提出签证，对自己不利的就不签证，造成工程签证不完整。还有些现场签证人员业务素质不高，不了解定额费用的组成，一些不应该的签证就盲目的签了。
二是工程签证泛滥成灾。一个大的工程项目，少则几十份，多则几千份。
三是工程签证缺少原始资料。如现场照片、录像等。
四是工程签证要素不全。签证时间是签证的基本要素之一，也是签证准确度的基础。有的业主现场代表不负责任，当时不办理签证，口头答应，事后靠追记补办，甚至在结算审计过程中还在补办签证手续，以致在结算审计时双方代表还争吵扯皮，影响了现场签证的严肃性，也影响了审计判断，影响了工作效率。工程签证应有建设单位、施工企业、监理共同签证，有的还要项目管理、跟踪审计单位签字认可。但在审计过程中发现，在施工过程中，施工企业只找某一方签字，有的仅有数量没有单价，更有甚者仅签据实结算。
五是建设单位或建设单位委托的驻工地代表不重视现场签证，缺乏现场签证价款控制意识，对签证工作既不负责任也不认真，未经核实就随意签证，往往因签证内容与实际不符造成不必要的经济损失。如某工程额外增加的垫层厚度为150mm，但签证却是300mm，很显然签证管理人员没有到现场核实。甚至有些签证用词模棱两可，可操作性差。签证单中的资料记载不详，用词含糊不清，模棱两可，计算费用的依据不足，无法计算应发生的费用。
