只是这个专业的话，就现在国内颁发的证书而言，应该算理学。因为根据教育部于2012年9月10日对普通高等学校专业学位授予的规定，应用物理学（代码070202）实际是理学类（代码07）下物理类（代码02）中的应用物理专业（代码02）。规定中没有注明可以授予其它学位（如应用化学注明了可授予理学或工学学位），而学位授予属于教育部授权下的行政权限，根据我国行政权限相关法规，行政权限范围不可逾越相关法规未规定的内容。因此，自2013年始，应用物理专业只能授予理学学位。
但像原子核物理学及核技术（部分）、材料物理（080402）、工程物理都属于应用物理学的范畴，但并非这个专业（每个专业都有代码，应用物理学专业代码：070202），都以08开头，授予工学学位。
个人认为应用物理学应该偏工，但由于其专业的课程设置和内容理工各半，所以被划为理学。
关于理学和工学的区别：
理学研究的是理论
工学研究的是技术，即如何把理论应用到实践
