比较突出的有资金、生源、土地征用、师资队伍建设等问题。
资金严重不足是目前民办教育面临的主要困难。民办学校完全靠举办者的投入和学生缴纳的学杂费，经费来源渠道单一。同时民办学校多是新建学校，既要投资建校和发展，又要维持运营，资金压力极大。在目前政府无力资助的情况下，通过金融渠道解决暂时的资金困难是多数民办学校的选择。但受《担保法》和其他政策的影响，作为教育事业组成部分的民办学校无法以其资产作为抵押获得贷款，也无法像公办学校那样获得信誉贷款和质押贷款，只能借助第三者获得保证贷款。资金问题因此成为民办学校发展的“瓶颈”。建议政府在暂时无法给予资助的情况下，允许民办学校在受到严格监控的前提下，利用其在延续期间形成的法人资产或以举办者的投资为抵押获得贷款用于学校的建设和发展，也可以通过设立专门的投资担保公司或专项基金的方式帮助民办学校解决资金困难。
民办教育在生源、土地征用、师资队伍建设等方面出现困难的一个主要原因是《民办教育促进法》及其实施条例的有关规定没有真正落实或受现实条件的限制无法落实。如师资队伍建设问题，虽然《民办教育促进法》规定民办学校的教师与公办学校的教师享有同等的法律地位，民办学校在登记时被列为非企业单位，但在全国绝大多数地区，民办学校的教师仍被看作企业职工，按照企业职工的费基和费率缴纳养老保险、医疗保险等社会保险，而无法像公办学校那样按事业职工的方法参加社会保险。在目前的社会转型期，企业保险和事业保险差别极大，退休后的待遇差距在两倍以上。这种因单位性质差异带来的同工种之间的待遇差别，严重影响了民办学校师资队伍的建设，影响了民办教育的健康发展。建议政府出台相关政策，认真落实《民办教育促进法》及其实施条例的有关规定，把已经颁行的促进民办教育发展的政策和措施真正落到实处。应该按照同工同酬的原则，把民办学校的教师与公办学校的教师的社会保险纳入统筹，避免因单位性质不同带来的巨大待遇差别。
