实在说，上一轮教育部学科评估中，南大和浙大都放弃了应用经济学学科的评估资格。所以，应用经济学实力方面，没有权威的排名能说明。
理论经济学方面，南京大学得分84，排第六，浙大得分81，排第七，名次十分相近。
总体看，与财经类院校比，综合性大学普遍比较重视理论经济学，这也可能因与“研究型”大学相对称而至。
不过，从两校二级学科最高教学层次建设方面，倒也可以看出浙大和南大在应用经济学各专业中具有的相对优势方面。除了产业经济学二者都拥有博士点，浙大的博士点还有世界经济、国际贸易（另一个是劳动经济学）；而南大的金融学是应用经济学类专业的两个博士点之一。
也就是说，报考应用经济学类专业，偏重于金融可考虑南京大学，偏重于国际贸易方面可重点考虑浙江大学。
