美国退回庚子赔款的60%，拿出来替中国政府建造学校、培养科技人才，清华大学的优秀学生毕业后，免费到美国留学。支持建立了清华学堂，并派出了上千名留学生。中国当时的中央研究院，科学院学部委员近半数都是庚款留学生。
到了30年代，美国取代日本成为中国留学生最多的国家。而同时，美国人在中国建立了12所教会大学，如上海圣约翰大学、北京的燕京大学（北京大学前身）、南京的金陵大学、苏州的东吴大学等，天主教会创办的有上海的震旦大学、北京的辅仁大学、天津的天津工商大学等。
清华大学（Tsinghua University）简称清华，诞生于1911年，因北京西北郊清华园得名，依托美国退还的部分“庚子赔款”建立，初称清华学堂，是清政府设立的留美预备学校，翌年更名为清华学校；为尝试人才的本地培养，1925年设立大学部，1928年更名为“国立清华大学”。
美国人司徒雷登任燕京大学（后来北京大学合并）校长的27年里，他十数次往返美国，为燕京大学筹集到大约250万美元，这在当时是一笔巨款。 他秉承“因真理得自由而服务”的校训，认为大学的核心就是思想自由、学术自由，给学生以选择自由。他说：“保持中国的民族自由及其优秀的民族文化与实现太平洋的和平及全人类的进步事业是绝对分不开的。”在他的努力之下，燕京大学成了近代中国规模最大、质量最高、环境最优美的一所高等学府。
教会医院则出现了协和医院，湘雅医院，齐鲁医院，四川的华西医院（有些已经改名）等，甚至可以说凡是中国现在的大型医院、医学院其前身几乎都是教会医院，即使是后来的军医医院、军医学院的人才和医疗体系都莫不出自前者。
美国人Peter Parker，1804年生于马萨诸塞，1831年毕业于耶鲁大学，1834年被美部会派遣来华，成为基督教第一个来华传教医生。1835年11月4日，他在广州新豆栏街7号的丰泰洋行内租屋开设“广州眼科医局”（Canton Ophthalimic Hospital），这是中国第一所新式教会医院，西医自此正式传入中国。
另外，洛克菲勒基金会则资助了中国学者们的农村调查与考古行动。
