主要区别在于：培养方向不同、学习要求不同、学制不同。
1、培养方向不同：全日制学术型硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；全日制专业型硕士为克服学术型硕士的弱点，国家新增的培养特定高层次专门人才。
2、学习要求不同：根据中国的有关规定，普通硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；而专业硕士是具有职业背景的硕士学位，为培养特定职业高层次专门人才而设置。
3、学制不同：全日制专业型硕士为2~3年，其中不少于半年的实习期；而全日制学术型基本上以学习理论为主，学制为3~5年，而在校的主干课程基本上是完全一样，生活、学习与导师培养方式等等都相同。
参考资料来源：百度百科-专业型硕士
参考资料来源：百度百科-学术型硕士
