学院现设有航海技术系、轮机工程系、船舶与港口工程系、电气工程系、信息工程系、港航运输与物流管理系、外国语言系、人文科学系、体育部和继续教育学院。成立“航海技术”等9个研究所。开办25个大专专业，36个专业方向。学制以高中后三年制专科为主。 “物流管理 系”是江苏海事职业技术学院港航运输与物流管理系的品牌专业，也是我国最早开办的物流专业之一。目前，该系设有物流管理、报关与国际货运、国际航运业务管理等7个专业， 电气工程系： 船舶电气工程技术专业、港口电气工程技术专业、电气自动化技术专业、楼宇智能化工程技术专业 。 船舶与港口工程系： 船舶工程技术(船机工程)专业、船舶工程技术(船体工程)专业、船舶工程技术（船舶安全技术管理）专业、船舶工程技术（计算机辅助建造）专业、焊接技术及自动化（焊接检验）专业、港口物流设备与自动控制专业、机械制造与自动化专业、 航海技术系： 航海技术专业、海事管理专业、 外国语言系： 商务英语(海事)专业、商务英语(国际贸易)专业、商务英语(船舶工程)专业 轮机工程系： 轮机工程技术专业、供热通风与空调的专业、 人文科学系： 涉外旅游专业、涉外事务管理专业 信息工程系：软件技术专业（分JAVA开发技术与.NET开发技术两个方向）、计算机网络技术专业、电子信息工程技术专业、移动通信技术专业、动漫设计与制作专业、环境艺术设计专业
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