医学与公共卫生领域
历来是霍普金斯大学的强项。霍普金斯拥有最负盛名且最顶尖的医学院，与哈佛医学院齐名。公共卫生学院自有排名以来，历年均为全美第一。在英国泰晤士高等教育增刊评选中，霍普金斯在生物医学和生命科学领域全球排名第三。霍普金斯同时也是获得美国联邦政府拨款和美国国家卫生研究院(NIH)研究经费最多的大学。
政治与国际关系领域
保罗·尼采高级国际研究学院(SAIS)是全美及世界公认的顶尖国际关系学院，《外交政策》杂志将其排名为全美第1或第2，与哈佛大学肯尼迪学院齐名，跻身美国六大最著名的政府与国际关系学院之列。另外5所学院分别是：哈佛大学肯尼迪政府学院、普林斯顿大学威尔逊公共与国际事务学院、哥伦比亚大学国际与公共事务学院、乔治城大学沃尔什外交学院、塔夫茨大学弗莱彻法律与外交学院。
生物与工程领域
生物学、生物医学、生物医学工程等常年排名前3。2015年本科生物医学、生物工程专业排名全美第1。工程相关领域中，2015年本科环境工程、环境健康专业排名全美第9。其他如电子工程、计算机科学、物理学、数学、人文学等专业均排名世界前列。
教育学领域
2006年从商业与教育学院分离后，独立成院，排名全美第1。该学院提供为期一年的教师资格认证项目，其中包括在马里兰州公立学校的教学体验。学院以其开创性的研究著名，如研究产物最佳证据百科全书，成为研究评论教育的实践手册。学校还运行由联邦政府资助的数据驱动教学改革中心，旨在改善全国各地的贫困学区。
