这个情况特殊，对你会有一点不利影响。既然你在中国读大学没能毕业，同样你去了日本读大学也可能毕不了业，入管局会参考这方面因素的。
好在学校给你出了在读证明，你的日语和经济又没有问题，所以在留资格的问题应该不大，没必要担心。如果老天就是诚心不让谁去，就算本科毕业有学位证的也一样被拒签。听天由命吧，不要过多去考虑这个问题。
关键是你没有大学毕业证的情况下，读完语言学校不能直接读研究生，必须在日本重新读大学，因为日本大学院有规定，必须有学位证的才能申请。所以又要白白浪费4年，真的很可惜，所以希望你能采纳一楼的建议，尽量跟学校好好商量申请延期一年毕业，在读语言学校期间要回来参加毕业考试，6月份拿到毕业证，这样语言学校读一年，同年年末就可以直接考大学院了。
祝你好运。
