19世纪90年代以后，由于教会学校的教育宗旨趋向于培养少数基督化的领袖人才，以期驾驭引导民众，控制中国的社会政治、经济及文化生活，因而高等教育性质的教会学校开始酝酿并逐步发展起来。最早创办的教会大学，多在中等教会学校的基础上扩展而来。诸如美国圣公会主办的圣约翰大学前身是分别于1865年创办的培雅学堂和1866年创办的度恩学堂，这两个学堂在1879年合并后，遂于1892年增设大学课程；1896年扩建大学校舍，1906年在美国华盛顿立案。又如广州的岭南大学前身为1888年广州长老会香便文牧部创办的格致书院，1893年在美国纽约大学注册；东吴大学的前身则为上海中西书院，至1907年迁至苏州天赐庄，名称东吴大学。也有一些大学是几家差会协同创办的，如1905年开始筹办的成都华西协合大学，是由英美、美以美、公谊、浸礼四个差会合办，并且也是先设华西协合中学，进而扩升为大学，1918年英国圣公会也参加襄理学务。1909年成立的南京金陵大学，则是由基督会、长老会、美以美会三家合办的，此后又陆续有浸礼会、南长老会等参预协办。
