首先说明一下个人情况。
我在日本上学6年，理科。我不是东大的，但是考过东大，差一点，擦身而过了。所以多少研究过东大。
逐个回答：
1.大学院没有统一指定的教材，考试内容是根据其本科的教学内容而定的。就是说，你需要复习日本学生大学四年的课程。但是东大的过去问是部分公开的，有的需要买，有的可以下载。事实上只要考试过了就可以，不需要一定研读过多少年。
你说的四年是指本科四年吗？如果本科四年读下来当然是有相应的学位证的。硕士两年，修了证也可以拿到，不是很难。但是文科在东大是不太可能拿到博士学位的，这点是没有办法的，就是不成文的规矩。
2.东大的英语要求还是不低的，尤其是文科。但是你有八级的水平是肯定够了。如果没记错的话，入学不特设英语考试，toefl成绩是需要的，两年内有效的成绩，个别学科需要ets直接邮送。这个要看你想报考的地方的具体考试要求了。日语方面会要求提供日语能力的证明，所以你有一级证就够了。入学考试可以选用英语答或用日语答。
3.你说的文部省奖学金是指国费吗？如果可以的话想办法在国内考下国费是最好的，待遇好，也比较稳定。不过具体怎么考我不太清楚。当然来日本以后也可以申请国费，但是就比较难了。
来到日本以后申请奖学金的方法都差不多，和是不是中介来的没什么大关系（说实话想去东大中介是指望不上的，最好是你现在大学的导师可以推荐，介绍）。奖学金自己申请或者学校推荐。还有就是和教授也有关系。如果能进东大，那么学校牌子比较亮，民间团体也比较照顾。
4.导师一定要联系，主要是导师愿不愿意当年收留学生，考试好不好考。学校推荐根据情况，其实一般用不上，但是如果你有个很牛的导师的话可以先自报家门，这样日本这边的老师会比较重视你。
5.6.时间应该完全来得及。不过如果你是自己办，不通过中介的话，得抓紧，因为很有可能有些资料一次准备不全的。材料方面得拜托你联系的导师了。导师这边会帮你准备好研究生资格的入学许可，之外还有有存款证明大概20w左右就够了。其他的我就不是很清楚了，不过重点是这两样。有入学许可，一般是不会拒签的（何况是东大的许可）。
答案基本如上。
经过前几年日本扩招留学生以后就不是很难办了。另外东大对于本科是国外大学毕业的留学生入学考试也比较松。但是如经济类的学科等还是很难进的，具体情况一定要和你联系的导师问清楚。现在我的学校文科那边比如国际文化，国际开发等人满为患，已经不太收私费留学生了。
加油吧，祝你好运
P.S.补充问题不清楚，帮不上忙了
