1914年同济大学设土木科始，即开设有道路施工、铁路施工课程。1952年起设铁路公路系，设道路工程、铁道工程专业。1982年，率先在全国开设交通工程专业；1999年设立交通运输专业（原上海铁道学院于1958年招收铁道运输本科专业，1993年按国家教委新目录修订改为交通运输本科专业）。2000年集中道路与铁道工程、交通工程、交通运输、交通信息工程等方面的师资力量，按教育部交通运输工程一级学科而建立交通运输工程学院。2000年起在交通运输专业内开设现代物流方向，2003年起招收现代物流工程专业本科学生。
学院现设有交通工程、交通运输、物流工程3个本科专业。2005年起学院按一级学科(交通运输工程类)统一招生。2009年共招收交通运输工程类本科学生204人，现在校本科学生873人。 以数学、系统科学、工程技术、计算机科学为基础，综合采用规划手段、工程设计手段、管理手段来解决交通系统的问题。由于所面临的问题复杂多变，要求学生具有宽广的知识面和清晰的思路，对于学生的灵活处理问题和分析问题的能力具有很大的挑战。交通工程专业培养系统规划设计和管理、道路与机场工程设计与管理、交通信息工程、城市轨道交通工程等方面的专业人才。其毕业生可在交通、运输及其信息通信工程相关的研究、规划、建设和管理部门从事技术研发和行政管理工作。
交通工程专业培养交通系统规划设计与管理、道路与机场工程设计与管理、交通信息工程、城市轨道交通工程等方面的专业人才。交通工程专业毕业生可在交通、运输及其信息通信工程相关的研究、规划、设计、建设和管理部门从事技术研发和行政管理工作。 以管理科学、计算机科学为基础，围绕交通运输企业运营管理、交通运行组织管理（例如城市轨道交通的运行调度）、交通运输系统规划、政府的产业政策和行业管理等方面展开学习。重点培养交通运输企业技术和经营管理高级人才。交通运输专业培养铁道、轨道交通系统运输规划与管理、综合运输系统规划与管理等方面的专业人才。其毕业生可在交通运输及相关的研究、规划、设计、管理部门和运输企业从事行政、经营管理和技术方面的工作。
交通运输专业培养铁道、轨道交通系统运输规划与管理、综合运输系统规划与管理等方面的专业人才。交通运输专业毕业生可在交通运输及相关的研究、规划、设计、管理部门和运输企业从事行政、经营管理和技术方面工作。 以数学、计算机科学、系统科学为基础，以数学、外语、计算机应用、规划设计方法、运营管理技术等综合能力培养为目标，以培养学生兼具软硬技术、兼备理论与实际工作能力为特色。培养现代物流体系中的社会化物流服务供应主体的高级工程技术人才。现代物流工程本科专业培养现代物流规划与设计、运营与管理等方面的专业人才。其毕业生可在物流、交通运输等相关的政府部门与企事业单位从事研究、规划、设计和管理等方面的工作。
物流工程本科专业培养现代物流规划与设计、运营与管理等方面的专业人才。物流工程本科专业毕业生可以在物流、交通运输等相关的政府部门与企事业单位从事研究、规划、设计、管理等方面工作。
