计算机科学与技术一级学科国家重点学科：（排名不分先后）
北京大学、清华大学、北京航空航天大学、哈尔滨工业大学、上海交通大学、南京大学、国防科学技术大学
计算机软件与理论二级学科国家重点学科：（排名不分先后）
吉林大学、复旦大学、中国科学技术大学、武汉大学
另据武书连2007年排名：
南大：软件工程W: 第1名A++/162
清华：软件工程W: 第2名A++/162
复旦：软件工程W: 第3名A++/162
上交：软件工程W: 第4名A+/162
中山：软件工程W: 第5名A+/162
浙大：软件工程W: 第6名A/162
中科：软件工程W: 第8名A/162
哈工：软件工程W: 第10名A/162
南开：软件工程W: 第11名A/162
北师：软件工程W: 第13名A/162
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