日本的反间谍和保安保密治安机构主要是两个：
1，法务省所属公安调查厅，该厅下设三部一所，即总务部，调查一部，调查二部和研修所。
调查一部，负责调查监视日共和工会组织，还负责对华，对俄，对朝的反间谍和情报工作。该部下设四课：
一课：监视日共；
二课：负责日共地方基层活动监视取缔，对中俄朝工作；
三课：调查监视工会组织；
四课：监视调查左翼和暴力基金学生组织。
调查二部，负责调查监视在日外国人的犯罪活动及右翼分子，该部下设三课：
一课：调查监视朝总联活动；
二课：侦察取缔在日外国人犯罪活动；
三课：负责监视调查右翼团体活动。
公安调查厅研修所：整理，研究，处理情报。
法务省公安调查厅成立于1952年，在原法务省特别调查局的基础改组而成，类似于美国司法部下的FBI。
2，公安委员会警察厅。
该厅具体负责制定政策，编制预算，指挥、监督全国各地警察的行动及保卫皇室安全等，警察厅设长官一人，另设警务、刑事、警备、交通、通信五个局以及警察大学、科学警察研究所、皇宫警察本部等三个附属机关，在地方还设有七个派出机松——管区警察局，代表警察厅长官对都道府县的警察机构进行指挥监督。
该委员会还有一个不公开的机构--公安警备部，它是在原来战后被迫解散的特别高等警察（特高科）余脉上结合原内务省。其任务是监视犯罪组织（暴力团），左翼（日本共产党，新左翼），右翼（奥姆真理教）等新兴宗教，朝鲜总联，劳动运动，反战运动等团体，领域的（民间）运动，必要的话可以发动“公权力”。一般说来，公安警察官的地位要比刑事警官的地位要高，日本的“公安警察”实质上是负责国家安全和情报事务的秘密警察。其公开机构是设在警察厅的公安九课，课长直接向公安委员会委员长负责，连警视总监也不能过问指挥。地方的警察本部下属的警备部的公安课和公安系是其终端部分。
日本公安警察的机构分工：
公安总务课 负责日本共产党和欧姆真理教
公安第一课 负责极左暴力集团
公安第二课 负责劳动团体及“日本革命共产主义者同盟革命马克思主义派”
公安第三课 负责右翼团体
公安第四课 资料管理
外事第一课 负责俄国东欧的间谍
外事第二课 负责东亚地区的间谍
外事第三课 负责中东地区的间谍和国际恐怖主义。
日本还有三个情报机关：
1，内阁府情报调查室，1952年在CIA主导下建立，在2001年6月“中央省厅再编”之前，称内阁调查室，隶属总理府。再编改革后隶属内阁府，改成内阁府情报调查室。该室下设八个分支，分别负责国内治安，国防情报，宣传报道，外电截获，国内政策研究，情报综合业务，保密防谍，信息安全等方面工作。美国曾经想把该室建设为日本的CIA，但是遭到了外务省，法务省，公安委员会的反对和抵制，未能如愿。
目前该室主要是负责指挥和协调情报和治安机关，还有综合利用各方面情报资源。有点像美国国家情报总监办公室。
2，防卫省情报本部。
负责军事情报工作，该部下设6个部：总务部、计划部、分析部、联合情报部、图像与地理部、电波部。
3，外务省国际情报统括官。
改组于原外务省调查部。利用驻外使领馆外交官进行情报工作，负责与日本各企业，民间团体的驻外机构交流情报。
