日本的大学院不能直接申请，需要参加大学院的入学考试。但是因为日本的国公立大学院是“导师接收制”，导师对你的大学院考试起到关键的作用。但是可以申请“研究生”，即院生的前期预备课程，国内外都可申请，但是相对来讲国内申请要比在日本读语言学校申请时难度大些。
申请条件的话：
1、日语2级以上，最好能够达到1级水平；
2、托福80分以上；
3、吸引导师的研究课题和研究计划报告书（日本版）。
留学费用的话一年10-15万人民币，但是去日本读研的话费用一般要远低于这个数目，因为日本的国公立大学奖学金种类多，大部分外国留学生能够申请学费半免甚至全免。
至于签证，建议你还是找专业的留学中介公司帮你办理，因为日本的签证材料繁琐，要求严格，需要很高的专业度。
